Năm Nguyên Xuân nguyên niên (2 TCN), ngày 17 tháng 1 (âm lịch), Phó Thái hậu qua đời, không rõ bao nhiêu tuổi.

Dù chỉ là một phi thiếp, Phó thị sau khi qua đời đã được cháu nội Hán Ai Đế tiếm gọi với thụy hiệu Hiếu Nguyên Phó Hoàng hậu (孝元傅皇后), hợp táng cùng Hán Nguyên Đế vào Vị lăng (渭陵)[12]. Quy chế nhà Hán gắt gao, trong một đời Hoàng đế, chỉ có một Hoàng hậu được hợp táng cùng Hoàng đế và được đem thụy hiệu của Hoàng đế ấy làm thụy hiệu của mình, đến cả Hoàng hậu còn có phân biệt (như Cung Ai Hoàng hậu Hứa Bình Quân), chứ chưa nói đến phi tần. Chính điều này đã làm cho Thái hoàng thái hậu Vương Chính Quân không hài lòng và tức giận. Hành động của Hán Ai Đế được xem là không phù hợp lễ giáo và thiếu tôn trọng đối với Thái hoàng thái hậu đang tại vị.

Hơn một năm sau Hán Ai Đế cũng bạo băng, thế lực họ Vương lập tức trỗi dậy, nhanh chóng đoạt lại quyền hành chính trị còn thế lực họ Phó và họ Đinh suy sụp, cháu gái bà là Phó Hoàng hậu bị thu hồi Hoàng hậu tỉ thụ, phế truất ngôi chính cung. Vương Chính Quân liền triệu tập cháu mình là Vương Mãng về Trường An nhiếp chính cho Hán Bình Đế vừa đăng cơ. Vương Mãng không do dự bèn thanh trừng thế lực 2 họ Phó và Đinh. Phó thị bị tước bỏ thụy hiệu "Hiếu Nguyên hoàng hậu", giáng vị thành Định Đào Cung vương mẫu (定陶恭王母)[13]. Thi hài bị trục xuất khỏi Vị lăng rồi được đưa về Định Đào an táng trong sự uất ức của gia tộc họ Phó.

Năm Nguyên Trị thứ 5 (5), Vương Mãng dâng tấu lên Thái hoàng thái hậu Vương Chính Quân, nói mộ phần Phó Thái hậu không hợp lễ táng, nên phải khai quật để sửa sang. Tương truyền, khi mộ của bà được khai quật, bất ngờ lửa phụt ra, gây tổn hại thi thể và các vật phẩm chôn cất cùng[14][15].